当成功开设医护机构辖下的医健通帐户后，用户将透过所选择的通讯方式（短讯或电子邮件），收到两组八位数字的预设密码。为保障帐户安全，用户应在首次登入后，立即设定新的高强度密码代替预设的密码，并定期更改。
密码格式要求
第一密码
- 密码必须由8至18位字元组成
- 不可重复使用前6次的密码
- 最少包含以下四类字元的其中三类：
- 大写英文字母（A至Z）
- 小写英文字母（a至z）
- 数字（0至9）
- 符号（^,()=&"><| 除外）
第二密码
- 英文字母和数字（即英文字母（A至Z，a至z）及／或数字（0至9）
- 长度由8至20位字元组成
- 不可包含个人英文姓氏或名字
- 不可包含英文字「password」
- 不可包含登入名称及第一密码
- 不可包含同一字元3次或以上（如aaaaa，888）
忘记密码
如果用户忘记他／她的登入密码，可致电电子健康纪录申请及谘询中心的24小时医护人员查询热线3467 6230，透过语音系统重设密码：
- 选择语言后，按「2」- 管理电子健康纪录户口；
- 输入香港身份证号码以核实身份；及
- 按「1」- 重设第一密码或按「2」- 重设第二密码。